Les wisigoths laissent aussi des séquelles dans la vallée de Valdegovia, dans ses systèmes de défences et de surveillance.
Il semble qu´à cette période obscure du Moyen Âge, des tribus distinctes de celles qui ont envahi la péninsule sont passées par ces terres, quelques fois en s´éclaircissant et les autres en soumettant et en vivant avec les habitants de celles-ci, en profitant dans la plupart des cas, d´installations anciennes. Le camp fortifié de Lastra à Caranca, par exemple, a été utilisé par plusieurs civilisations, plus tardive dans cette période.
Valdegovia garde un souvenir de cette malheureuse époque, qui se concrétise et matérialise dans les grottes érémitiques, les ermitages et les églises, et les tours et forteresses à caractère militaire.
Entre les Vème et VIIIème siècles, se développe le phénomène de l´érémitisme, un courant ascétique condamné par l´église et l´autorité civile hispano-romaine.
L´ermite trouve la perfection chrétienne dans la méditation, la solitude, dans des lieux retirés et dans beaucoup de cas difficile d´accès. Ces ascètes habiteront dans des demeures qu´eux mêmes ont creusé dans la roche. Dans Valdegovia, nous trouvons des grottes dans Bachicabo, Barrio et Quejo, mais les plus importantes sont celles de Pinedo, Corro et Tobillas.
Au VIIIème siècle convergent une série et de circonstances : ainsi l´an 714 commence par l´invasion arabe du Sud de la péninsule, qui rapidement, jusqu´à arriver au Nord.
De cette époque datent quelques châteaux qui ont été élevés contre l´invasion "maure" ("arabe"), ainsi que celui d´Astulez, près d´autres lieux comme Berbeia (Barrio) qui ont construit des tours de guet de défense.
Dans cette circonstance s´ajoute le fait qu´entre les VIIIème et Xème siècles, est donnée une occupation spontanée, qui n´est pas basée sur l´expension démographique de gens qui habitent là, mais qui répond à une authentique colonisation de l´endroit (il semble que ce sont des gens qui procèdent en majeure partie de Léon et Asturies).
Le modèle d´occupation développé dans cette région repose sur la fondation ou la construction d´églises et de monastères autour desquels étaient conditionnées des terres où était développé le labourage.
Dans le haut Moyen Âge nous avons commencé à entendre la nouvelle langue castillane (Cartularios de Valpuesta), l´endroit est colonisé depuis le IXème siècle par les ecclésiastiques. L´église et son travail (espiritualizadora) spritualiste, contribuera à l´installation et la repopulation de cette zone de la province d´Álava.
Ainsi apparaît le monastère de Saint Romain de Tobillas en l´an 822, depuis lequel se dégage une colonisation vers Villanueva et Valderejo.
Valdegovia est une zone où l´agriculture garde son rôle prédominant, les personnes se regroupent et vivent ensemble bien que la vallée à cause de son territoire, n´arrive pas à réunir un grand nombre d´habitant.
Dans Valdegovia, des luttes de lignées se sont succédées afin de maintenir le pouvoir, à la fin du XIème siècle, Valdegovia restera sous le contrôle du Seigneur de Biscaye, jusqu´en 1479, qui devient le roi Castillan.