Les premières évidences de l´installation humaine dans Valderejo remontent à la Préhistoire (dans le Néolitique), comme il a été constaté par la découverte de champs de tombeaux, de lieux de culte et d´enterrement de ces communautés primitives pastorales.
HIl s´y trouve aussi des manifestations de la domination romaine, représentées par une chaussée qu´elle imaginait (entre Briviesca et Orduña), par le défilé étroit de la partie Sud du territoire,
Mais l´époque la plus importante et celle que plus une trace a laissé a été le Moyen Âge. Après l´invasion arabe, Valderejo se trouvait en situation de "terre d´aucun homme", abandonnée par ses habitants qui se sont réfugiés dans les montagnes du Nord par peur des musulmans. C´est à cette époque que s´est produit le processus de repeuplement de la vallée réalisée par les moines et les abades ; lesquels ont construit des monastères, autour desquels apparaissent les populations.
Tout au long de l´histoire, ce territoire a été soumis à différentes autorités durant beaucoup de siècles. Le royaume Asturien, le royaume de Navarre, l´Autorité de Biscaye et la Couronne de Castille.
Cependant, à la fin du XIIème siècle ils ont obtenu l´accord d´une coutume qui les exemptaient de payer certaines contributions (certains tributs). Celle-ci a été ratifiée par tous les rois jusqu´au XVIIIème siècle.
Jusqu´à la fin des années soixante, il formait une municipalité dont la capitale était Lalastra ; mais après l´abandon de certains peuples comme Villamadores et Ribera, a occasionné l´incusion (l´entrée) de Valderejo dans la municipalité de Valegovía, à laquelle, de nos jours, il appartient.